Fondato da studiosi e artisti come il primo museo sulla complessità di Leonardo da Vinci artista, scienziato, inventore e designer in rapporto alla sua biografia, ai suoi territori e alla sua attualità, ha realizzato in concreto le teorie del Museo Immaginario e del Mundaneum in continua crescita.
Ha sviluppato i contenuti di mostre come “Leonardo. Arte, utopia e scienza” (Toronto 1987), “Leonardo scomparso e ritrovato” (Firenze 1988), “Leonardo. Attualità e mito” (Roma 1989 e Budapest 1991),”Leonardo e la cultura della terra” (Rinascimento dell’olivo, Il vino, Elementi-alimenti, Firenze e Roma 1990-1994), e del primo cd-rom “Leonardo. La pittura digitale” (ACTA, 1988).
Inaugurato il 2 ottobre 1993 con il patrocinio di Regione Toscana, Provincia e APT di Firenze e Comune di Vinci, con l’egida dell’Armand Hammer Center for Leonardo Studies (University of California at Los Angeles) e gli auspici dell’Ente Raccolta Vinciana di Milano.
È stato ufficialmente riconosciuto Museo d’Interesse Pubblico dalla Regione Toscana nel 1999. Del 2007 è il messaggio del Presidente della Repubblica Giorgio Napolitano che ha definito il Museo Ideale “un’esperienza unica in Europa che onora il genio di Leonardo in uno spazio dove arte, natura e scienza si fondono con forti significati poetici, simbolici ed estetici e sottolineano l’universalità e la molteplicità delle attività e degli interessi di Leonardo, come invito alla pace e al dialogo fra culture diverse”.
Direttore è Alessandro Vezzosi; Presidente dell’Associazione Internazionale è Agnese Sabato; Presidente onorario è Carlo Pedretti.
Ha sede nella Galleria che con l’Antica Cantina del Castello ospitava un antesignano “museo del vino” già nel XIX secolo. Lo attestano le memorie di Giuseppe Garibaldi del luglio-agosto 1868, in cui è definito “Museo Masetti”, poiché faceva parte delle proprietà dei conti Masetti da Bagnano, insieme alla rocca dei Conti Guidi (donata poi al Comune di Vinci) e ai terreni di Grappa (ora interessati dal “Giardino di Leonardo” e in antico proprietà del padre di Leonardo).
Proprio di fronte all’ingresso del Museo vi era il Mulino del Comune (con la sua gora delle acque) che nel 1478 fu preso in gestione dal padre Ser Piero e dallo zio Francesco di Leonardo. Lo stesso Leonardo era presente all’atto, avrebbe dovuto ristrutturare il Mulino e ne sarebbe stato usufruttuario.
La parte edificata nell’Ottocento è stata costruita sulla gora interrata del Mulino del Comune e dei Da Vinci.
Gli spazi espositivi sono momentaneamente costretti alla chiusura a causa di infiltrazioni di acqua piovana da strutture soprastanti, in attesa della riapertura.